Александриската црква е основана околу 42 година од Апостолот и Евангелист Марко, каде што овој Евангелист го заврши својот земен живот претрпувајќи маченичка смрт од незнабожците.
Во текот на првите три векови, во Александрија се изградени голем број цркви, и е воведен посебен чин на Божествената Литургија – Литургија на Светиот Апостол Марко. Истовремено, поради судирот со разни видови култови и религии во разнонародниот град Александрија, тамошната црква доста рано развива сопствена богословска мисла, позната како Александриска теолошка школа, и станува еден од најважните богословски центри на христијанскиот свет. Официјален и литургиски јазик на Александриската црква бил грчкиот и повеќето александриски теолози користеле грчки јазик.
Од средината на III век, Претстоителот на Александриската црква ја носи почесната титула „Папа“. Пред подемот на Константинопол, Александрија е главниот христијански центар на Истокот.
Од 451 година, Александрискиот папа ја добива и титулата „Патријарх“. Александриската патријаршија тогаш е трета по важност, по Рим и Константинопол.
Најпрвин во Александриската црква се појавува монаштвото, во III век, благодарение на Светиот Антониј Велики, и се распространува ширум Египет. До крајот на IV век, Тиваида и Нитрија стануваат главни центри на монаштвото, кое бива прифатено понатаму на териториите на Палестина, Сирија и во други земји.
Во времето на Свети Атанасиј Александриски, околу 330 година, Александриската црква ја проширува својата јурисдикција надвор од Римската империја, а потоа христијанството се проширило и во други области во соседството на Египет, особено во Нубија и Арабија. Автономните цркви што се појавуваат тогаш, Етиопската и Арапската, се канонски зависни од Александрија. Во VI век, регионите на Северозападна Африка (Картагенската црква) и Јужна Шпанија, припоени кон Византија во времето на императорот Јустинијан, биваат префрлени во јурисдикција на Александриската патријаршија.
Александриската црква, која во голем дел од историјата била возглавувана од големи отци на црквата, во V век станува доследен поддржувач на монофизитската христологија. Заради тоа е свикан IV Вселенски собор во Халкидон, на кој е осудено монофизитството како ерес, а Александрискиот патријарх Диоскор, кој го држел тоа учење, бива осуден и сменет. Но, монофизитството не престана да постои, туку најголемиот дел од Александриската црква се одделува во посебна црква, која и до ден денес постои, и го носи името „коптска“ црква. Сите обиди за помирување на православната со монофизитската црква останале безуспешни.
Вториот голем удар Александриската патријаршија го доживува со појавата на Исламот, во VII век, и освојувањето на Египет од Арапите-муслимани. Православниот патријарх Александриски тогаш го напуштил своето седиште и заминал во Константинопол заедно со византиската војска. Повеќе од 70 години, во Александрија не бил присутен надлежниот патријарх. Во тоа време, многу цркви и манастири биле земени од коптската црква. Православните патријарси се враќаат во Александрија во VIII век, но се малцинство и живеат во многу притеснети услови под власта на друговерци-муслимани.
Во понатамошниот период, многу Александриски патријарси потекнувале од грчката средина, живееле долги години во Цариград и речиси никогаш не се појавиле во Египет, туку активно учествувале во црковниот живот на Источното римско царство – Византија.
Кога во XVI век Египет станал една од провинциите на Отоманската империја, седиштето на Александрискиот патријарх и официјално било преместено во Цариград. Александриската патријаршија ја изгубила својата независност, станувајќи зависна од Цариградскиот патријарх, кој заедно со својот Синод ги назначувал Александриските патријарси. Бидејќи мнозинството православни христијани во Египет биле Грци, свештенството на Александриската црква било исклучиво грчко.
Во XIX век египетскиот паша се залагал за египетска независност, па по почетокот на грчката револуција од 1821 година, кога се случиле прогоните на христијаните низ целата Отоманската империја, Египет бил единствениот регион каде тоа не се случувало. Тогаш многу семејства на грчки трговци се преселиле во Египет, како и голем број православни Арапи од Сирија и Либан.
Со растот на бројот на верници во Александриската црква, се зголемила нејзината независност од Цариградската патријаршија. Во 1866 година Александрискиот патријарх бил избран во Египет, а не во Цариград. До почетокот на XX век, православната заедница броела околу 100 илјади луѓе, од кои 63 илјади Грци, а останатите – Арапи. Свештенството на Александриската патријаршија во тоа време се состои од Патријархот, двајца митрополити и 50 свештеници.
Во XX век Александрискиот Патријарх Мелетиј ја прогласува јурисдикцијата на Александриската патријаршија на цела Африка, додавајќи ги зборовите „и на цела Африка“ во титулата на Александрискиот патријарх. Оваа одлука е прифатена од Цариградската патријаршија дури во 2001 година. Па така, денес полната титула на Александрискиот патријарх е: „Неговото Божествено Блаженство Папа и Патријарх на великиот град Александрија, на Либија, Пентапол, Етиопија, целиот Египет и цела Африка, Отец на Отците, Пастир на Пастирите, Претстоител на Престоителите, тринаесеттиот од Апостолите и Судија на Вселената“.
Во XX век Александриската патријаршија, во содејство со Црквата на Грција, Црквата на Кипар и Цариградската Патријаршија започнува мисија за ширење на православието во централна и јужна Африка.
Се проценува дека денес Александриската Патријаршија брои околу 1 милион верници.
